In Zone of the Enders geht es um eine Jupiterkolonie der Menschen, die angegriffen wird weil ein bestimmtes Gear/Frame (Kampfroboter) ein hohes Interesse bei den Angreifern hat. Wie das Schicksal es so will, fällt das geheime und strengbewachte Gear (Jehuty) in die Hände eines Kindes, den der Spieler steuert. Der sieht sich fortan mit der Aufgabe konfrontiert, die Kolonialisten zu retten und das Gear unbeschadet an die richtige Stelle zu bringen. Dabei wird Stück für Stück in nicht-interaktiven Sequenzen die Geschichte weitergesponnen.
Zone of the Enders war auch ein Launctitel, insofern waren am Anfang die grafischen Effekte besonders interessant, verdeutlichten sie doch gut die Leistungsfähigkeit der PS2. Optisch sieht das Spiel auch gut aus, aber spielerisch ist das Spiel nur Standard, denn Missionen in denen man bestimmte Dinge tun muss, um einen Abschnitt weiterzukommen ist nun wirklich nichts neues. Kurzfristig interessant ist es, das man in verschiedenen Abschnitten, teile des Jehuty-Programms suchen muss, um damit die Leistungsfähigkeit des Frame's zu erhöhen (und dadurch neue Fähigkeiten zu erlernen). Nervig ist aber das Umherfliegen in den einzelnen Abschnitten des Spiels, was bewirkt, dass man oft wieder zu einer schon besuchten Stelle wieder zurückkehren muss um ein bestimmtes Objekt in einen weiter vorne liegenden Abschnitt des Spiels zu bringen. Die Story motiviert auch nur kurzfristig und bietet nicht die Wendungen und Wirrungen eines Rollenspiels. Zone of the Enders bleibt damit Standardkost und ist auch in keinster Weise ein Spiel, das man haben muss.